L'Università è diretta da fr. Peter Bray, FCS, EdD, con la funzione di Vicecancelliere, che alle nostre latitudini corrisponde a quella di rettore. Il Cancelliere è l'Arcivescovo Antonio Franco, Nunzio apostolico in Israele e Delegato apostolico per Gerusalemme. Il suo predecessore, l'Arcivescovo Pietro Sambi, ora Nunzio apostolico negli USA, soleva dire: "I'aiuto finanziario fornito dall'ABU è indispensabile per il mandato dell'Università di Betlemme".

L'organo supremo dell'Università è I' "lnternational Board of Regents". Ne fanno parte fra gli altri, la Direzione generale dell'Istituto dei "Fratelli delle scuole cristiane" (FCS) e la Congregazione del Vaticano per le Chiese Orientali.

Oggi l'ABU è un'associazione promotrice, attiva soprattutto in Svizzera, Germania e Austria, che intende rafforzare la sua attività.